Я, может, уже поздно влезаю, но у меня с кодированием во FLAC были такие же траблы: вставлялясь крохотная пауза. Разобрался, когда стал дергать настройки у FLAC frontend: там есть такая опция, Replaygain , если на ней стоит галочка (ставится автоматом) - будет пауза, не стоит - не будет. Некоторые п...