За имя выходного файла отвечает параметр -o. Можно указывать не только имя файла, но и путь, куда его необходимо разместить. Большое спасибо! Смутила немного кривая справка: -o, --stdout Writes output to stdout in 16 bit ONLY. The format options are ignored with this option.

Простой вопрос по oggdec :
можно ли в параметрах командной строки указать имя выходного файла wav ?
или обязательно файл создастся рядом с исходным (что очень неудобно)