После обновления напрягало что пропала совместимость с этими форматами (как же хорош этот TTA), сколько не смотрел по форумам обновлённых версий не обнаружил. Пришлось идти на крайние меры и лезть, разбираться самому. Спешу поделится с нуждающимися рабочими версиями.
скачать foo_input_tta и foo_input_dts для Foobar2000 0.9.6