Returned:Установлен древний DirectShow кодек (какого то японца), не советую им вообще что-либо кодировать.
Лучший вариант, сохранить дорожку в WAV файл, закодировать ее последним Vorbis Lancer (AoTuV) и склеить с видеорядом.
Уточняю:
Не DirectShow а ACM.
Дополняю:
Сжатие звука, используя этот кодек, неминуемо приведёт к рассинхронизации звукового и видеоряда.
Но ответ правильный, жать надо отдельно и сливать в один файл. Но не в коем случае не в AVI. Наиболее логичным будет MKV (матрёшка) контейнер. OGM давно не развивается и большинство его идей и функций реализовано в матрёшке.